Inwentaryzacja przyrodnicza to badania terenowe, których wyniki stanowią podstawę raportu OOŚ. Obejmują rozpoznanie siedlisk, flory i fauny w zasięgu oddziaływania inwestycji, ze szczególnym uwzględnieniem gatunków i obszarów chronionych.

Najważniejszą cechą inwentaryzacji jest sezonowość. Aby wyniki były wiarygodne, badania muszą objąć właściwe okresy fenologiczne, a dla części grup zwierząt oznacza to obserwacje prowadzone przez pełny rok. To jedno z największych ryzyk dla harmonogramu całej procedury, ponieważ badań nie da się przyspieszyć ani uzupełnić poza sezonem. Opóźnienie ich rozpoczęcia o miesiąc może przesunąć inwestycję nawet o rok.

Zakres badań terenowych zależy od rodzaju przedsięwzięcia, jego lokalizacji oraz wymagań organu. Może zostać doprecyzowany na etapie scopingu, zwłaszcza gdy inwestycja znajduje się w pobliżu obszarów Natura 2000, korytarzy ekologicznych lub siedlisk gatunków chronionych.

Dane przyrodnicze z czasem tracą aktualność. Inwentaryzacja wykonana kilka lat wcześniej może wymagać powtórzenia, gdy inwestor wraca do wstrzymanego projektu albo zmienia zakres przedsięwzięcia. Wyniki badań wpływają też na zakres raportu OOŚ, ponieważ stanowią podstawę oceny oddziaływania inwestycji na środowisko oraz doboru działań minimalizujących.